一般情况下并不需要什么特别的操作来进行删除操作。MongoDB使用的Btree也是自平衡的不用去重建，除了3.0.7及更早版本有一个bug SERVER-21063会影响btree的平衡外并没有听说有什么特别需要注意的地方。
从6G增长到9G这个情况从未听说过。可以看一下从结点的情况是否也是这样。如有可能，为了验证目的，可以删除一个从结点上的索引重新创建看大小是否有不同。
编辑：在尝试之前可以试一下compact看是否有用。注意对实例的影响，最好拆一个secondary下来单独测试。

这个在文档中说明了，删除数据的时候并不会删除索引，即使整个集合你全部删除了都不会删除索引。所以这个时候，我建议你进行重建索引。