真空干燥时物料的脱水是依靠热传导将外来热量传递给被干燥物料的，而在低气压环境下，用对流方式进行热传递速度较慢，妨碍了真空干燥优点的发挥。微波干燥是利用介电加热原理，依靠高频电磁振荡来引发分子运动，使被加热物发热，加热方式有别于传统的对流、传导与辐射，系微波直接对物体进行加热，传热这一限制因素被打破。微波真空干燥把微波干燥和真空干燥两项技术结合起来，充分发挥各自优势，在一定的真空度下水分扩散速率加快，可以在低温条件下对物料进行干燥，较好地保持了物料的营养成分。微波可为真空干燥提供热源，克服了真空状态下常规热传导速率慢的缺点，因而大大缩短了干燥时间，提高了生产效率。

微波是一种电磁波，可产生高频电磁场。介质材料由极性分子和非极性分子组成，在电磁场作用下，极性分子从原来的随机分布状态转向依照电场的极性排列取向，在高频电磁场作用下造成分子的运动和相互摩擦从而产生能量使得介质温度不断提高。因为电磁场的频率极高，极性分子振动的频率很大，所以产生的热量很高。当微波加热应用于食品工业时，在高频电磁场作用下，食品中的极性分子(水分子)吸收微波能产生热量，使食品迅速加热、干燥。水和一般湿介质在一定的介质分压作用下，对应一定的饱和温度，真空度越大，湿物料所含的水或湿介质对应的饱和温度越低，即沸点温度低，越易汽化逸出而使物料干燥，真空干燥就是根据这一热物理特性，在真空条件下将气相中的低压水蒸气及空气等含量较少的不凝结气体，借真空泵的抽吸而除去。