第一个问题，没理解你问的是啥？生成多个ssh key之后，不是好几组文件么，把要作为ssh key的用于ssh key，要用于Deploy key的用于Deploy key就好了，都保存到不同位置。调用git的时候可能要指定key路径，不然就全都从默认路径取了。

先回答第二个问题：
github账户的SSH keys，相当于这个账号的最高级key，只要是这个账号有的权限（任何项目），都能进行操作。
仓库的Deploy keys，顾名思义就是这个仓库的专有key，用这个key，只能操作这个项目，其他项目都没有权限。

说白了就相当于你有一所大别墅，SSH key能开别墅中的任何一个房间。而Deploy key只能开进别墅中的一个单间。